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As tecnologias de sequenciamento de segunda geraçăo proporcionaram um grande avanço dos estudos genômicos, tornando sua utilizaçăo um marco que revolucionou a biologia. Estas plataformas săo caracterizadas pela reduçăo no tempo de sequenciamento, alta produçăo de dados e baixo custo por base sequenciada, contudo, estes equipamentos em sua maioria produzem dados compostos por leituras curtas o que representa um grande desafio para reconstruçăo do genoma, devido a essa nova característica das leituras ferramentas computacionais tiveram que ser desenvolvidas para realizar a tarefa de montagem. No entanto, a maioria destes aplicativos săo executados através de linhas de comandos extensas compostas por vários parâmetros e devem obedecer a uma sintaxe adequada a sua utilizaçăo, pois em caso de erros existe a possibilidade de năo obtençăo do melhor resultado, com o intuito de resolver este problema apresentamos o AutoAssemblyD que além de proporcionar a utilizaçăo destes montadores através de uma interface gráfica também possibilita a geręncia destas execuçőes de forma remota.
