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Dal punto di vista delle conoscenze attuali, i problemi essenziali della pratica sono: 1. Descrizione e caratteristiche del sistema, che ha più beni protetti, intesi come sistemi, tra i quali vi sono collegamenti di diversa natura (fisica, informatica, sociale, organizzativa) e vi è una varietà di flussi materiali, energetici, informatici, ecc. 2. Resilienza, vulnerabilità e adattabilità dei singoli sistemi e del sistema dei sistemi. 3. Determinazione del rischio integrale, poiché nel sistema vi sono più risorse protette, che sono interfacciate da collegamenti e accoppiamenti interni, e i loro obiettivi sono in molti casi contrastanti. 4. Relazioni tra rischi parziali e integrati e rischio integrale del sistema. 5. Relazioni tra il rischio integrale del sistema dei sistemi e i rischi integrali dei sistemi parziali. 6. Criteri per la sicurezza integrale del sistema dei sistemi. 7. Principi per la gestione del sistema dei sistemi in un mondo dinamicamente variabile (necessari per il funzionamento di strutture critiche). 8. Legislazione per la promozione della gestione della sicurezza del sistema dei sistemi. 9. Meccanismi di controllo per il monitoraggio del livello di sicurezza delle strutture critiche. Un prerequisito è il pensiero sistemico.
